Depuis le début du XVIe siècle, les frères capucins s'arrêtèrent à Mendrisio pour prêcher le Carême, jusqu'à ce qu'en 1635, ils s'installent définitivement dans le village pour y construire leur couvent.
À côté se dressait l'église de San Francesco (1635), communément appelée l'église des Capucins, en hommage aux religieux qui le voulaient. En 1853, le couvent fut démoli pour faire place à l'ancien hôpital. Au bout de l'avenue arborée invitante qui mène à l'église, on remarque la façade rouge avec la mosaïque représentant saint François, de l'artiste mendrisien Gino Macconi (1967).
À l'intérieur, une seule nef couverte d'une voûte en berceau, peinte en style néo-gothique par l'artiste Angelo Sala (1870). Dans sa partie avant, il ya plusieurs peintures du XVIIe siècle, y compris, à droite, San Felice da Cantalice (1637), avec un cadre naturel frappant de gris et brun, et à gauche Saint Antoine de Padoue, peint en 1655 par Francesco Torriani, admirable pour sa chaude teinte dorée.
La première chapelle à droite a un autel en bois du baroque tardif avec une statue de la Madone piétinant le diable. Sur le maître-autel il y a des expressions artistiques de différents styles : le ciboire baroque tardif en forme de petit temple ; la table néoclassique du XIXe siècle ; le retable du XVIIe siècle - une copie de Giovan Battista Crespi connu comme Il Cerano - avec le Crucifix entre Saints François et Charles qui avec des gestes de transport amoureux imitent le culte intense cher à la religion de la contre-réformation.
Dans le chœur du XVIIIe siècle il ya plusieurs peintures des XVIIe, XVIIIe et XIXe siècles qui appartenaient au couvent et représentent les bienheureux et les frères capucins.